游戏公司“玛奇导航”的社长约翰尼·玛奇岛，使用假面骑士风魔和忍者玩家们，撒下了新的臭虫病毒马基纳吉”的干部南云影成选择了游戏玩家，是一个因为难治之症余生不久的少女小圆。感染了新型病毒的人们都陷入了昏迷状态，在假想现实的世界里，度过了与现实不同的时间。在镜飞彩、花家大我、甚至是臭虫星Popy都被感染的情况下，小圆在假想现实的世界里，精神饱满地奔跑着马基纳吉”的目的所见的结果，在那里表现出来了。永梦在得到黎斗和帕拉多的协助下，为了在现实世界恢复患者们的意识，跳进了虚拟现实的世界。在那里也有贵利矢的身影玛奇导航”选择小圆作为玩家的理由和真正的目的是什么。不久，艾格泽德等人出现在假面骑士面前，是最强的最后的敌人。到底永梦能不能让年轻的医生们通过终极游戏改变患者的命运呢？

2016年，由于开始侵蚀世界的怪人“BugStar”=未知的电脑游戏病毒侵蚀开始。为了救助感染者，决定与BugStar战斗的天才玩家宝生永梦变身为假面骑士Ex-Aid。

在人们还没有察觉到的时候，未知的病毒——漏洞体，已经在社会上蔓延开来。政府在圣都大学附属医院秘密设立了电脑急救中心（CR），以应对病毒蔓延的情况，避免人类走向灭亡。 在数字游戏的世界中，打败游戏病毒漏洞体！使用与游戏企业共同研发出的玩家驱动器与卡带，候选人医生就能变身为假面骑士！ 年轻的实习医生宝生永梦背负的命运，就是变身为假面骑士艾克赛德，保护患者不受漏洞体侵害。

在人们还没有察觉到的时候，未知的病毒——漏洞体，已经在社会上蔓延开来。政府在圣都大学附属医院秘密设立了电脑急救中心（CR），以应对病毒蔓延的情况，避免人类走向灭亡。 在数字游戏的世界中，打败游戏病毒漏洞体！使用与游戏企业共同研发出的玩家驱动器与卡带，候选人医生就能变身为假面骑士！ 年轻的实习医生宝生永梦背负的命运，就是变身为假面骑士艾克赛德，保护患者不受漏洞体侵害。